يتولى المجلس الاختصاصات الواردة في المادة السابعة عشرة من النظام الصحي والمادة 17 ل من لائحته التنفيذية التي تنص على أن يختص المجلس بالآتي :​​

1.    إعداد استراتيجية الرعاية الصحية في المملكة.

2.    وضع التنظيم الملائم لتشغيل المستشفيات التي تديرها الوزارة والجهات الحكومية الأخرى , بحيث تدار وفقاً لأسس الإدارة الاقتصادية ومعايير الأداء والجودة النوعية .

3.    وضع وإقرار سياسة التنسيق والتكامل بين جميع الجهات المختصة بتقديم خدمات الرعاية الصحية , وعلى وجه الخصوص في المجالات الآتية :

1.    خدمات الرعاية الصحية الأولية والثانوية والتخصصية.

2.    خدمات الإسعاف والإخلاء الطبي.

3.    تحويل المرضى بين الجهات الصحية المختلفة.

4.    تأمين الأدوية والمستلزمات الطبية والاستعمال الأمثل لها.

5.    تعليم القوى العاملة في المجال الصحي وتدريبها وتوظيفها.

6.    القيام بالبحوث والدراسات الصحية.

7.    تقديم الرعاية الصحية للحجاج.

8.    نشر التوعية الصحية بين السكان.

9.    تطوير صحة البيئة.

10.  تبادل خبرات المتخصصين بين الجهات الصحية المختلفة.


وقد أضاف قرار مجلس الوزراء رقم 418 وتاريخ 29/10/1435هـ الاختصاصات التالية للمجلس:

و‌-  تقويم السياسات والخطط الصحية ومراجعتها بصفة دورية.

ز‌-    دراسة مستوى الخدمات الصحية وتقويمها وتحديد متطلبات القطاع الصحي واتخاذ التوصيات اللازمة بشأن توزيع الخدمات الصحية بجميع أنواعها على مناطق المملكة والنهوض النوعي بالخدمات الصحية.

ح‌-   العمل على تنفيذ السياسات والخطط والبرامج والمشروعات الواردة في استراتيجية الرعاية الصحية في المملكة، وتذليل أي صعوبة قد تعترضها بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة.

ط‌-   التنسيق بين الجهات الحكومية التي تقدم خدمات صحية بشأن إنشاء المستشفيات والمشروعات والبرامج التخصصية الصحية.

ي‌-  دراسة الأنظمة الخاصة بالخدمات الصحية واقتراح تعديلها وتطويرها.

 ​ك. تكوين اللجان المتخصصة التي تعين المجلس على أداء مهماته سواء لدى   الأمانة أو في المناطق وتحديد اختصاصاتها والقواعد المنظمة لعملها وحقوق أعضائها وواجباتهم.

   ل. إصدار اللوائح التنظيمية والإدارية والمالية اللازمة لتسيير أعمال المجلس بالاتفاق مع وزارة المالية واعتماد الهيكل التنظيمي لأمانة المجلس بالتنسيق مع أمانة اللجنة العليا للتنظيم الإداري.