​ا​​لهدف الاستراتيجي (1): وضع استراتيجية شاملة للبحوث الصحية بالمملكة:

1.1     إعداد مشاريع الخطط، والاستراتيجيات الوطنية في مجال البحوث الصحية.

1.2      اقتراح الأولويات البحثية للبحوث الصحية الوطنية.

1.3     إيجاد مصادر تمويل الأبحاث الصحية ومتابعتها.

1.4     إيجاد قاعدة بيانات للبحوث الصحية، بالتعاون مع المركز الوطني للمعلومات الصحية، ومدينة الملك عبد العزيز للعلوم والتقنية والجهات ذات العلاقة.

1.5     متابعة إجراءات تمويل البحوث الصحية، وفقاً للوائح وقواعد تمويل البحوث الصحية التي يصدرها المجلس وبالتنسيق مع مدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية.

1.6 تقويم النشاط البحثي في المجال الصحي ورفع التوصيات والمقترحات الخاصة بتطويرة الى المجلس

الهدف الاستراتيجي (2): تحقيق التنسيق والتعاون والتكامل بين المراكز البحثية في القطاعات الصحية والجهات ذات العلاقة فيما يختص بإدارة الأبحاث: 
2.1 اقتراح اللوائح والقواعد المهنية والأخلاقية المنظمة لنشاط البحوث الصحية، ومتابعة تنفيذها بعد اعتمادها من المجلس الصحي السعودي.

2.2 التنسيق والتعاون مع الجهات المختصة بشأن تطبيق معايير الجودة لدى الجهات البحثية وجودة البحوث الصحية وتقييمها.

الهدف الاستراتيجي (3): تنفيذ المشاريع البحثية داخل مركز البحوث والدراسات الصحية وخارجه مع الجهات البحثية الأخرى​​​​
​​3.1 العمل على استقطاب الباحثين من خارج المركز في مجالات الصحة العامة والسياسات الصحية

3.2 إجراء الدراسات والبحوث الصحية العامة التي تساعد المجلس على وضع الخطط والسياسات والاستراتيجيات الصحية، سواء ذاتياً أو من خلال التعاون أو التعاقد مع الجهات البحثية الحكومية أو الأهلية