يهدف المركز إلى الارتقاء بشكل واضح بصحة المجتمع والخدمات الصحية والنظام الصحي ككل في المملكة من خلال دعم التكامل بين إنتاج المعرفة المبنية على البراهين من جهة والمستفيدين (المرضى، متخذي القرار، واضعي السياسات الصحية) من جهة أخرى وذلك بتحقيق التالي:  
1. نشر مفهوم الطب المبني على البراهين ودعم التحول اللازم لممارسته في المنشآت المختلفة في جميع القطاعات الصحية في المملكة. 
2. إنتاج المعرفة المبنية على البراهين الإكلينيكية والمتعلقة بالسياسات الصحية ونشرها وتطبيقها من خلال التعاون والتنسيق بين كافة الجهات الرسمية من مقدمي الرعاية الصحية بالمملكة والجهات الأخرى ذات العلاقة.
3. وضع الأولويات للقواعد الإرشادية للممارسة الإكلينيكية بناءً على الاحتياجات الصحية الفعلية (كالأمراض الأكثر انتشاراً والأمراض المزمنة) وبما يتناسب مع أهداف برنامج التحول الوطني ٢٠٢٠ ورؤية المملكة ٢٠٣٠والأهداف الدولية للتنمية المستدامة والتحقق من إعدادها على نحو منهجي وتحديثها بالرجوع للمستجدات في البحث العلمي والمراجعات المنهجية المناسبة.
4. تلبية الاحتياجات الوطنية الطارئة للخروج بقرارات مستندة على البراهين لدعم متخذي القرارات للتوصل إلى قرارات مستندة على البراهين من خلال إنتاج المراجعات المنهجية العاجلة 
(Rapid systematic review) 
5. بناء القدرات الوطنية في جميع جوانب الاستناد إلى البراهين وإعداد القواعد الإرشادية للممارسة الإكلينيكية ومواءمتها للتطبيق محلياً
6. متابعة تطبيق الممارسة الصحية المبنية على البراهين وتطوير إستراتيجيات مبتكرة لنقل المعرفة. 
7. تمكين المجتمع وإشراكه في إنتاج المعرفة المبنية على البراهين ووضعها موضع التنفيذ.​